В марте 2009 года в Алтайском заповеднике завершились ежегодные Зимние маршрутные учеты (ЗМУ). Участие в учетах приняли сотрудники научного отдела и отдела охраны Алтайского заповедника. В настоящее время руководитель ЗМУ в Алтайском заповеднике В. Н. Захарченко завершает обработку собранных данных о пушных и копытных зверях, обитающих в Алтайском заповеднике.
При организации любого заповедника, второй ключевой этап, после создания, - проведение инвентаризации флоры и фауны, (видового состава) обитателей заповедной территории. После установления видового состава необходимо наладить количественный учет обитателей каждого вида, поскольку, наряду с изучением различных вопросов биологии отдельных видов животных, перед исследователями встает вопрос определения их численности. Здесь особенно важны данные многолетней динамики численности того или иного вида.
В природе все виды животных связаны между собой. Имея показатели многолетней динамики численности ряда видов, обитающих на одной территории, можно с большой достоверностью не только определить степень их взаимного влияния, но и выявить факторы среды, влияющие на состояние популяций. А это, в свою очередь, послужит убедительным доводом для принятия мер по охране этого вида на конкретных участках заповедника.
В Алтайском заповеднике, с момента создания в 1932 году, данные о количестве обитателей того или иного вида собирались с помощью различных методик. Так, в 1936 году количество марала для Алтайского Заповедника было определено В.В. Дмитриевым в 2000 голов, в 1937 году Ф.Д. Шапошниковым в 1000 голов, в 1959 году С.С. Фолитареком в 600-700 голов. В 80-х годах младшим научным сотрудником В.В. Баскаковым в Алтайском заповеднике были заложены и первые учетные маршруты. Если в 1973 году учетами было пройдено 516 км, то к 1975 году этот показатель достиг рекордной цифры в 2025 км., и в последующие годы, до 1991 года составлял от 700 до 1400 км. За фоновые виды в Алтайском заповеднике были взяты марал и соболь. В период с 1974 по 1992 годы было вытроплено 63 суточных следа маралов и 108 - соболя. Всего, в настоящий момент, на территории заповедника, учеты проводятся по 11 маршрутам. При проведении ЗМУ в декабре 2008 года, январе-феврале 2009 года общая протяженность маршрутов составила 1194 км, что соответствует требованиям мониторинга численности млекопитающих на территории Алтайского заповедника. По данным ЗМУ трех последних лет (2006, 2007, 2008) численность марала только на Яйлинском участке составила соответственно: 416, 359 и 368 особей. Кроме того, зимние маршрутные учеты позволяют определить состояние численности некоторых видов птиц (рябчика, глухаря, тетерева, куропатки).
Данные всех зимних маршрутных учетов в заповеднике обрабатываются и заносятся в один из разделов ежегодника мониторинговых наблюдений «Летопись природы Алтайского заповедника». При ЗМУ в настоящее время проводится учет марала, лисицы, соболя, норки, белки, горностая, зайца, кабарги, росомахи, колонка, лося. Для марала и соболя, как фоновых видов заповедника, ежегодно проводится расчет численности для территории участков и территории Алтайского заповедника в целом.