Структурно отдел охраны делится на кордонную службу, дежурную группу (службу оперативных дежурных, контроллеры КПП) и оперативную группу заповедника. 

Кордонная служба в первую очередь отвечает за поддержание особого режима охраны на закрепленной за каждым кордоном территории заповедника.

Основной функцией службы оперативных дежурных является прием информации о чрезвычайных происшествиях, ее первичный анализ и оповещение ответственных структур и ведомств. Контролеры КПП регистрируют граждан, транспорт.

Основными задачами оперативной группы являются:
- борьба с браконьерством и иными нарушителями установленного режима особой охраны на территории заповедника;
- систематическое патрулирование своей зоны деятельности в целях предупреждения, выявления и пересечения нарушений режима особой охраны, пожаров, ухудшения экологического состояния природных комплексов и т.д.

В своей деятельности отдел охраны руководствуется Положением об отделе охраны разработанным в соответствии с Положением о Заповеднике, утвержденным директором заповедника 01.11.2009, Положением об оперативной группе.

Оперативная группа – особое подразделение отдела охраны Алтайского биосферного заповедника, сотрудники которой выполняют задачи по скорейшему выявлению и предотвращению нарушений природоохранного законодательства. Большая часть территории заповедника контролируется в ходе рейдов, проводимых опергруппой. Об уровне профессионализма сотрудников свидетельствует тот факт, что за последнее время в ходе рейдовых мероприятий оружие не применялось, при этом происходило эффективное пресечение и предотвращение случаев нарушений режима заповедника.

Техническое оснащение отдела охраны. В своей работе государственные инспекторы используют маломерные суда с достаточно мощными моторами, автомобили, снегоходы и квадроциклы. Для максимально объективного процесса задержания правонарушителей инспекторами опергруппы широко используются средства видео- и фото-фиксации. Неизменно эффективным остаётся конное патрулирование: обеспечивает скрытность, быстроту передвижения и энергоэффективность группы. Использование коней доступно практически в любой местности, кони одинаково эффективны как в степи и тундре, так и в лесу, и при прохождении бродов.

Взаимодействие и сотрудничество

Совместные рейдовые мероприятия отдела охраны заповедника проходят с ГИМС МЧС России по Республике Алтай, транспортной полицией Алтайского Линейного управления МВД России, с комитетом по охране животного мира РА (Охотнадзор), с рыбнадзором по Турочакскому району Республики Алтай, авиалесохраной (Алтайская база авиационной охраны лесов).

Подобное взаимодействие становится незаменимым выходом для внештатных ситуаций. Так, в 2012 году сводный отряд из бойцов СОБРа и ОМОН помог госинспекторам Алтайского государственного заповедника задержать двоих браконьеров, которые забаррикадировались в таежной избушке и отстреливались от сотрудников заповедника. Совместными силами удалось разрешить эту непростую ситуацию. 

Положительных результатов достигает и взаимодействие с пограничной службой, которая оказывает помощь заповеднику в ходе мониторинга популяции снежного барса. Экспедиции, проходящие в приграничных районах, помогают пограничникам сообщениями о выявленных нарушениях пограничного режима. Со своей стороны, пограничники содействуют работам таких экспедиций, помогая с установкой и обслуживанием фотокамер.

Обучение 

• Прочно вошли в жизнь отдела охраны Алтайского заповедника мероприятия по комплексному обучению сотрудников, где прорабатываются основы природоохранного законодательства, направления физической и тактической подготовки, ведение дневника первичных наблюдений и подготовка материалов для написания пресс-релизов. По отдельным дисциплинам обучение оперативной группы проводят офицеры подразделения СОБР (Специальный Отряд Быстрого Реагирования) «Ирбис» МВД по Республике Алтай.
• С 2015 года проводится тестирование госинспекторов по физической подготовке. Сергеем Абрамовым, начальником оперативной группы Алтайского заповедника, в 2015 году были составлены тесты - упражнения для 7-ми возрастных категорий госинспекторов.  Задания были разработаны на основе норм ГТО Российской Федерации, нормативов по легкой атлетике и норм ГТО для мужчин.
• Такие обучения сказываются положительно на итоговых результатах. В июле 2015 года команда государственных инспекторов опергруппы Алтайского заповедника заняла второе место в командных соревнованиях, в рамках тренинг-семинара государственных инспекторов в области охраны окружающей среды Ассоциации заповедников и национальных парков Алтай-Саянского экорегиона в заповеднике «Хакасский». .