Алтайский заповедник входит в пятерку заповедников России, обладающих самым высоким биологическим разнообразием. На его территории существует 1770 видов высших сосудистых растений, 73 вида млекопитающих, отдельные представители которых занесены в Красные книги РФ и Республики Алтай. Алтайский заповедник, в составе Алтае-Саянской горной страны входит в список «Global-200» (фонд WWF) - в список девственных или мало изменённых экорегионов мира, в которых сосредоточено 90 % биоразнообразия планеты. 

Млекопитающие обитают на территории заповедника постоянно. Наблюдать за представителями заповедной фауны не просто. При проведении полевых работ сотрудники заповедника встречают зверей в их естественной среде обитания. Не всегда совпадают условия и технические возможности, чтобы сделать хорошую фотографию заповедного обитателя, но такие моменты случаются. Каких млекопитающих заповедника  удавалось встретить и сфотографировать? Небольшая фото подборка встреч разных лет. 

Лось – Alces alces.
Вид представлен двумя территориальными группировками, разделёнными водоразделом рек Кокши и Кыга. Общая численность не превышает 150 – 200 особей. 

Косуля – Capreolus capreolus.

Благородный олень – Cervus elaphus. Массовый вид. Распространён по всей территории.

Северный олень – Rangifer tarandus.

Сибирский горный козел – Capra sibirica. В  заповеднике  отмечен  на  Абаканском,  Шапшальском    хребтах,  на  хр. Куркуре и Чулышманском нагорье. Обитает на крутых скалистых склонах гор.

Архар – Ovis ammon.

Бурый медведь – Ursus arctos. Встречается во всех высотных поясах на всей территории заповедника.

Отряд Chiroptera – Рукокрылые. 

Альпийская пищуха – Ochotona alpina.

 Заяц-беляк – Lepus timidus. 

Белка обыкновенная – Sciurus vulgaris.

Обыкновенный бобр – Castor fiber.

Обыкновенная лисица – Vulpes vulpes.

Соболь – Martes zibellina. 

Горностай – Mustela erminea.