На территории Алтайского заповедника находятся 3 закрытых контейнера  в районе КПП,  для сбора ТКО (твердые коммунальные отходы)  с дальнейшей вывозкой 

Алтайским заповедником с 2018 года реализуется проект по сбору и утилизации отработанных элементов питания. Сбор элементов питания организован по согласованию в зданиях Правительства Республики Алтай, Национального драматического театра и Национального музея Республики Алтай, Горно-Алтайского госуниверситета, Национальной библиотеки Республики Алтай, лицея № 1 г. Горно-Алтайска, в Церковной лавке Горноалтайской Епархии, в визит-центрах заповедника. В 2019 году отправлены на спецпредприятие для  утилизации 175 кг батареек. 

В 2018 году Алтайским заповедником проведена экологическая акция «Пластиковым бутылкам - новую жизнь!», по сбору и утилизации пластиковой тары. Организаторы акции: Алтайский биосферный заповедник, Горно-Алтайский государственный университет (ГАГУ), Национальная библиотека им. М.В. Чевалкова, Национальный музей имени А.В. Анохина, Сообщество экологов ГАГУ, Молодёжный клуб Алтайского республиканского отделения Русского географического общества, ИП Нартов «Переработка вторсырья». Всего в акции приняло участие 9 образовательных учреждений г. Горно-Алтайска, 1310 участников. Все собранные пластиковые бутылки были переданы на вторичную переработку, индивидуальному предпринимателю Нартову А.Э., со-организатору акции. В рамках мероприятия организованы викторина «Раздельный сбор отходов», выставка изделий из вторично переработанного сырья, распространение информационных листовок. Всего в мероприятиях акции приняло участие 1360 человек.