Организация эффективной охраны природных комплексов и объектов является основополагающей задачей, стоящей перед заповедниками и национальными парками.
Охрану заповедной территории Алтайского заповедника обеспечивают 35 государственных инспекторов, в т.ч. 10 государственных инспектора оперативной группы. На одного инспектора приходится более 20 тыс. га труднопроходимой горно-таёжной местности без дорог (это самый высокий показатель в Алтае-Саянском экорегионе).
Анализ деятельности охраны Алтайского заповедника за период 1975-2011 гг показал, что наиболее эффективным периодом в охране заповедной территории являются 2007-2011 гг, - именно в этот период выявляется ежегодно в среднем 82 правонарушения (по сравнению, например, с периодом 1985-1987 гг – в среднем ежегодно 16 выявленных правонарушений, в 2001-2005 гг – в среднем 38 правонарушений). Максимальное количество правонарушений за всю 80-летнюю историю Алтайского заповедника выявлено в 2009 году (109).
В 2011 году, в ходе охранных и рейдовых мероприятий составлено 83 протокола о нарушении заповедного режима (51 протокол составлен по факту незаконного нахождения на заповедной территории, 25 – о незаконной рыбной ловли, 1 - о загрязнении природных комплексов, 6 – о нарушении правил пожарной безопасности в лесах).
Изъято орудий незаконного природопользования: нарезного оружия – 2 шт. (на сопредельной территории), рыболовных сетей - 4, спиннингов - 11, удочек - 10, острог - 1, неводов и бредней - 22, и 2 – иных браконьерских орудий лова (мереж, верш).
Совместные рейдовые мероприятия проводились в составе межведомственной антибраконьерской бригады (созданной в Республике Алтай в 2010 году на базе трёх служб: Комитета по охране и воспроизводству животного мира Республики Алтай, Алтайского заповедника, МВД Республики Алтай). Пролонгированы и заключены договоры об организации совместной работы при осуществлении природоохранной деятельности с МВД, МЧС по Республике Алтай, с администрацией МО «Турочакский» и «Улаганский» районы, главой муниципального образования «Артыбашское сельское поселение», природоохранными организациями Республики Алтай. В ходе совместной работы проведены 4 рейдовых мероприятия на сопредельной территории. Наиболее успешный рейд состоялся в Улаганском районе, в результате которого было изъято 5 единиц нарезного оружия.
Традиционно, с 2008 года, Алтайский заповедник проводит обучающие школы для госинспекторов ООПТ Алтае-Саянского экорегиона (при поддержке фонда WWF, проекта ПРООН/ГЭФ). В них приняли участие инспекторы отделов охраны из 16-ти ООПТ России