Образован 16 апреля 1932 года
Объект Всемирного природного наследия ЮНЕСКО (с 1998 года)
Включён во Всемирную сеть биосферных резерватов Программы ЮНЕСКО «Человек и биосфера» (МАБ) - 26 мая 2009 года
Входит в список «Global-200» - девственных или мало изменённых экорегионов мира, в которых сосредоточено 90% биоразнообразия планеты
23 июля 2024 года в Алтайском заповеднике издано распоряжение о запрете посещения всех разрешенных экологических объектов особо охраняемой природной территории на аэролодках и аэрокатерах. Информация с предупреждением о запрете будет доведена до собственников маломерных судов.