Образован 16 апреля 1932 года
Объект Всемирного природного наследия ЮНЕСКО (с 1998 года)
Включён во Всемирную сеть биосферных резерватов Программы ЮНЕСКО «Человек и биосфера» (МАБ) - 26 мая 2009 года
Входит в список «Global-200» - девственных или мало изменённых экорегионов мира, в которых сосредоточено 90% биоразнообразия планеты
В августе 2024 года гнездо чёрного аиста Ciconia nigra в верхней части Телецкого озера, недалеко от устья р. Кыга, обнаружил орнитолог Алтайского заповедника Олег Митрофанов. Птенцы были полностью оперены. Это первый случай гнездования этого вида в заповеднике. В конце месяца птенцы покинули гнездо.
Чёрный аист для территории Алтайского заповедника отмечен как редкий, возможно гнездящийся перелётный вид, включён в Красную книгу Российской Федерации (3 категория) и в Красную книгу Республики Алтай (3 категория). В заповеднике ранее птица была отмечена на побережье Телецкого озера, в бассейне р. Чульча и Джулукульской котловине. В июле 2019 года чёрного аиста зафиксировали в устье р. Ойер, а 28 июля 2020 г. птица встречена на сопредельной территории у побережья Телецкого озер под г. Алтын-Туу.
По информации Олега Борисовича Митрофанова, старшего научного сотрудника Алтайского заповедника.