Образован 16 апреля 1932 года
Объект Всемирного природного наследия ЮНЕСКО (с 1998 года)
Включён во Всемирную сеть биосферных резерватов Программы ЮНЕСКО «Человек и биосфера» (МАБ) - 26 мая 2009 года
Входит в список «Global-200» - девственных или мало изменённых экорегионов мира, в которых сосредоточено 90% биоразнообразия планеты
19 августа 2018 года в селе Яйлю, центральной усадьбе Алтайского заповедника, традиционно состоялся праздник «Яблочный спас». На берегу Телецкого озера мероприятие объединяет разных людей – прихожан, художников, артистов, сотрудников заповедника, туристов. Главная идея праздника – сохранение первозданной природы через произведения искусства и православие. Это духовно-культурное мероприятие, приуроченное к православному празднику Преображения Господня, именуемого в народе Яблочным Спасом.
3 августа 2018 года 50 лет исполняется участковому государственному инспектору оперативной группы Алтайского заповедника Евгению Анатольевичу Иванушкину.