Образован 16 апреля 1932 года
Объект Всемирного природного наследия ЮНЕСКО (с 1998 года)
Включён во Всемирную сеть биосферных резерватов Программы ЮНЕСКО «Человек и биосфера» (МАБ) - 26 мая 2009 года
Входит в список «Global-200» - девственных или мало изменённых экорегионов мира, в которых сосредоточено 90% биоразнообразия планеты
Ранние сведения о лишайниках Алтайского заповедника содержались в двух работах: М.С. Хомутовой и др. (1938), в которой указано 29 видов, и К.А. Рассадиной (1938) – указано 14 видов. В 1985-1990 гг. проводилась инвентаризация флоры лишайников Алтайского заповедника (с попутным сбором коллекции) научным сотрудником Е.Ф. Королёвой. К сожалению, собранный гербарий сгорел во время пожара в 1999 г., после чего коллекцию полностью восстановить не удалось.
На сегодняшний день, с учетом новых полученных данных, в Алтайском заповеднике насчитывается 265 видов лишайников. Специалисты предполагают, что это далеко не окончательная цифра.