Образован 16 апреля 1932 года
Объект Всемирного природного наследия ЮНЕСКО (с 1998 года)
Включён во Всемирную сеть биосферных резерватов Программы ЮНЕСКО «Человек и биосфера» (МАБ) - 26 мая 2009 года
Входит в список «Global-200» - девственных или мало изменённых экорегионов мира, в которых сосредоточено 90% биоразнообразия планеты
В 2018 году Алтайским заповедником проведена экологическая акция «Пластиковым бутылкам - новую жизнь!», по сбору и утилизации пластиковой тары. Организаторы акции: Алтайский биосферный заповедник, Горно-Алтайский государственный университет (ГАГУ), Национальная библиотека им. М.В. Чевалкова, Национальный музей имени А.В. Анохина, Сообщество экологов ГАГУ, Молодёжный клуб Алтайского республиканского отделения Русского географического общества, ИП Нартов «Переработка вторсырья». Всего в акции приняло участие 9 образовательных учреждений г. Горно-Алтайска, 1310 участников. Все собранные пластиковые бутылки были переданы на вторичную переработку, индивидуальному предпринимателю Нартову А.Э., со-организатору акции. В рамках мероприятия организованы викторина «Раздельный сбор отходов», выставка изделий из вторично переработанного сырья, распространение информационных листовок. Всего в мероприятиях акции приняло участие 1360 человек.